Объем двигателя лада: LADA Vesta седан — Официальный сайт LADA

Содержание

габариты (длина, ширина), вес, бензин, клиренс

Рабочий объем, л 1.6
Рабочий объем, см3 1596 1598
Диаметр цилиндра 78 82
Количество клапанов 16
Количество цилиндров 4
Максимальная мощность, кВт 78 83
Максимальная мощность, л.с. 106 113
Номинальный крутящий момент, Н•м
148
Об/мин КВТ 5800 4200
Об/мин ЛС 5800
Об/мин НМ 4200
Расположение двигателя переднее, поперечное
Расположение распределительного вала DOHC
Расположение цилиндров в ряд
Тип топлива
Бензиновый
Требования к топливу АИ-95
Ход поршня 83.6 75.6
Тип наддува Нет
Экологический класс EURO5
Степень сжатия 11

дилер LADA в г. Москва (Москва и МО)

  • Кузов
  • Колесная формула / ведущие…

  • Расположение двигателя

  • Тип кузова / количество…

  • Количество мест

  • Длина / ширина / высота по рейлингам,…

  • База, мм

  • Колея передних / задних колес,…

  • Дорожный просвет при снаряженной массе,…

  • Объем багажного отделения в пассажирском / грузовом…

  • Двигатель
  • Код двигателя

  • Тип двигателя

  • Система питания

  • Количество, расположение…

  • Рабочий объем, куб. см

  • Максимальная мощность, кВт (л.с.) / об….

  • Максимальный крутящий момент, Нм / об….

  • Рекомендуемое топливо

  • Динамические характеристики
  • Максимальная скорость, км/ч

  • Время разгона 0-100 км/ч, с

  • Расход топлива
  • Городской цикл, л/100 км

  • Загородный цикл, л/100 км

  • Смешанный цикл, л/100 км

  • Масса
  • Снаряженная масса, кг

  • Технически допустимая максимальная масса,…

  • Максимальная масса прицепа без тормозной системы /…

  • Объем топливного бака, л

  • Трансмиссия
  • Тип трансмиссии

  • Передаточное число главной…

  • Подвеска
  • Передняя

  • Задняя

  • Рулевое управление
  • Рулевой механизм

  • Шины
  • Размерность

  • Двигатели Лада Гранта — подробные характеристики

    На Лада Гранта ставились два 8-клапанных и два 16-клапанных двигателя объемом 1.6 литров. Восьмиклапанные моторы мощностью 82 и 87 л.с. имели индекс 11183 и 11186 соответственно. Шестнадцатиклапанные силовые агрегаты мощностью 98 -106 л.с. несли индекс 21126 и 21127.

    Двигатели Лада Гранта 8 клапанов

    Такой силовой агрегат ставился лишь до декабря 2014 года, пока не уступил место двс 11186. Это инжекторный 8-клапанный мотор с одним распредвалом, ременным приводом ГРМ и без гидрокомпенсаторов, так что тепловые зазоры клапанов тут придется регулировать самому. Благодаря специальным лункам в поршнях, при обрыве ремня клапана здесь никогда не гнет.

    Проблем с этим мотором хватает, прежде всего владельцев донимают всевозможные шумы, стуки, вибрации. Много неприятных сюрпризов вам может подкинуть ненадежная электрика, а также капризный термостат. Из-за плохого топлива порой здесь случается прогар клапанов.

    Седан до рестайлинга 2011 — 2019
      1.6 л 11183 МКП5
    Тип инжектор
    Топливо бензин АИ-92
    Расположение поперечное
    Цилиндры 4 в ряд
    Клапана 8
    Рабочий объем 1596 см³
    Мощность 82 л.с.
    Крутящий момент 132 Нм
    Разгон до 100 км/ч 12.6 с
    Скорость (макс) 165 км/ч
    Экологич. класс Евро 4
    Расход город 9.7 л
    Расход трасса 6.1 л
    Расход смешанный 7.4 л
    Полезные ссылки ARTICLE

    Подобно обо всех деталях конструкции двс рассказывает сайт Motor VAZ

    Данный агрегат является усовершенствованной версией предыдущего. Тут уже облегченная поршневая с антифрикционными вставками, ремень ГРМ от Gates с ресурсом в 180 тысяч км, электронная дроссельная заслонка, развитая рубашка охлаждения и много других доработок, благодаря которым удалось вписать этот довольно старый мотор в строгие эконормы ЕВРО 4. Из-за новых поршней без лунок в днище, при обрыве ремня клапана практически всегда гнет. Обновление: в середине 2018 года производитель оснастил агрегат безвтыковыми поршнями.

    Список характерных неисправностей данного силового агрегата довольно велик. Владельцы авто с таким мотором регулярно сталкиваются с прогаром клапанов по вине плохого бензина, перегревами, течами масла, отказами всевозможных датчиков, а еще глюками системы Е-газ.

    Седан до рестайлинга 2011 — 2019
      1.6 л 11186 МКП5
    1.6 л 11186 АКП4
    Тип инжектор инжектор
    Топливо бензин АИ-92 бензин АИ-92
    Расположение поперечное поперечное
    Цилиндры 4 в ряд 4 в ряд
    Клапана 8 8
    Рабочий объем 1596 см³ 1596 см³
    Мощность 87 л.с. 87 л.с.
    Крутящий момент 140 Нм 140 Нм
    Разгон до 100 км/ч 12.2 с 14.2 с
    Скорость (макс) 167 км/ч 160 км/ч
    Экологич. класс Евро 4 Евро 4
    Расход город 9.0 л 10.4 л
    Расход трасса 5.8 л
    6.1 л
    Расход смешанный 6.6 л 7.7 л

    Моторные и трансмиссионные масла для Lada Xray

    Практически все производители легковых автомобилей сегодня, в своем ассортименте модели выполненные в стиле SUV. Автоваз тоже не исключение. Правда если именитые бренды в данном сегменте давно и уже выработали определенные лекала, как данный класс презентовать потребителю, для тольятинского завода такой сегмент был в новинку.

    Однако, рынок, показал, что ВАЗу не стоит себя сдерживать и презентовал в далеком уже 2012 году концепт LADA XRAY Concept. Интерес новинка вызвала не только у журналистов, но и у конечных потребителей. Концепт обсуждался на форумах, в обзорах, были произведены исследования рынка все указывало, что данная модель будет востребована. В декабре 2015 года модель начала выпускаться серийно.

    Дизайн разрабатывался специалиста ВАЗа а конструкция совместно со специалиста RENAULT, Такой подход позволил создать действительно симпатичный автомобиль с надежной конструкцией, адаптированной к российским реалиям. Такой подход позволил существенно унифицировать агрегаты с уже выпускаемыми моделями завода.

    XRAY комплектуется двумя моделями двигателей, основное отличие моторов  объем и количество лошадиных сил.

    Модель 21129 объем двигателя 1596 см3 106 лошадиных сил и модель 21179 рабочим объемом 1774 см3 122 лошадиные силы. И отличительной чертой от VESTы, является наличие импортного мотора h5M, производства компании RENAULT, объемом 1598 см3 и 110 лошадиных сил. Выбор не особо широкий, но позволяет выбрать автомобиль по желанию и уровню комплектации.

    С трансмиссиями дело обстоит чуть сложнее на данный момент представлено 5 вариантов моделей..

    Три из них это коробки производства компании RENAULT под индексами JR5 518, JR5 523 и Jh4 512.

    Две оставшиеся это отечественная разработка: индексы 21809 механика и 21827 роботизированная коробка.

    Не скроем, многие ждут эту модель на полноценном автомате и в варианте с полным приводом, однако завод не торопиться с выводом таких комплектаций на рынок. Надеемся, что в скором времени такая комплектация появиться в ассортименте.

    Владельцы XRAY приобретая автомобиль, обязательно озадачиться тем, как правильно и с помощью каких материалов обслужить свою машину. Модель новая, ее эксплуатационные характеристики и надежность будет сильно зависеть если использовать при обслуживании качественные материалы для проведения ТО.

     

    Немецкий производитель автомобильных масел и автохимии, компания LIQUI MOLY предлагает широкую линейку продукции для обслуживания любых марок и моделей представленных на рынке. Продукцию Автоваза компания не обошла вниманием и предлагает материалы отличного немецкого качества для проведения регламентных работ.

    Моторы нового поколения с индексами 21129 и 21179  предъявляют более высокие требования к выбору смазочных материалов. Наличие в гамме двигателя концерна RENAULT с индексом h5M потребовало учитывать требования производителя двигателя. Для данного двигателя ГСМ материалы также есть в ассортименте LIQUI MOLY. Для всей гаммы двигателей производитель рекомендует масла с высокими качественными характеристиками.

    Владельцам автомобилей оснащенных двигателем ВАЗ 21129 объемом 1596 см3 мы можем предложить использование универсального моторного масла Optimal Synth 5W-40. Спецификации продукта превосходят требования производителя, что позволяет эксплуатировать автомобиль с различными нагрузками. Но если владелец хочет максимальной защиты двигателя, при экстремальных нагрузках рекомендуем использовать фирменный продукт компании НС-синтетическое моторное масло Molygen New Generation 5W-40.

    Тем кто приобрел более мощную версию автомобиля оснащенную двигателем 21179 рабочим объемом 1774 см3 необходимо учитывать конструктивные особенности мотора и  использовать масла вязкостью 5W-30. Оптимальным выбором из ассортимента LIQUI MOLY будет НС-синтетическое моторное масло Optimal HT Synth 5W-30.

    Линейка Optimal в ассортименте LIQUI MOLY была разработана и произведена на заводе в Германии с учетом особенностей эксплуатации автомобилей в российских условиях.

    Для версии автомобиля с импортным мотором компания LIQUI MOLY рекомендует использовать НС-синтетическое моторное масло Special Tec LL 5W-30. Из линейки специальных масел.

    Специальные масла – масла для современных двигателей, где предъявляются специальные требования по характеристикам моторного масла со стороны автопроизводителей. В то же время двигатели автомобилей последних поколений имеют особенности технического обслуживания, например, удлиненные интервалы, электронный контроль сроков ТО и т.п., что накладывает дополнительные требования на свойства и состав моторных масел.

    Для трансмиссий автомобилей XRAY требования унифицированы с модельным рядом VESTA.

    Роботизированные коробки обладают определенными требованиями по специфике применения. Необходимо учитывать, что применение определённого типа масла сказывается на плавности переключения и топливной экономичности. Технологи компании LIQUI MOLY разработали специальный продукт для применения в таких трансмиссиях НС-синтетическое трансмиссионное масло Top Tec MTF 5200 75W-80.

    Данный продукт, позволяет эксплуатировать автомобиль оснащенный роботизированной трансмиссией с максимальным комфортом, а пакет присадок в масле предохраняет трансмиссию от износа.

    В случае оснащения механической коробкой рекомендуем использовать:  Синтетическое трансмиссионное масло Hochleistungs-Getriebeoil 75W-90 с максимальными защитными свойствами и прекрасными низкотемпературными характеристиками. Хочется заметить, что данный продукт универсален и подходит под все виды механических трансмиссий производства ВАЗ и RENAULT которыми оснащается XRAY.

    Для облегчения выбора продукции компании прилагаем таблицу применения продукции LIQUI MOLY на автомобилях ВАЗ модельного ряда XRAY.

     

    XRAY

     

     

    двигатель

    21129 1,6/16

    21179  1,8/16

    h5М

    LIQUI MOLY (артикул продукции)

    3926

    9054

    39001

    8055

    трансмиссия

    (5МТ) 21807

    (5АМТ) 2182

    (5МТ) Jh4

    (5АМТ) 2182

    (5МТ) 2180

    (5МТ) JR5

    LIQUI MOLY (артикул продукции)

    3979

    20845

    3979

    20845

    3979

    3979

     

    Надеемся, наши рекомендации позволят Вам сделать правильный выбор!

    Двигатели Лада Веста — объем, характеристики, видео обзор линейки двигателей

    Наверняка отечественному автолюбителю будет интересно, какие типы двигателей будут использованы при окончательной комплектации Лады Весты. По мнению абсолютного большинства водителей, двигатель Лады Весты имеет исключительную важность для будущих владельцев авто.

    К счастью, характеристики двигателя Лада Веста уже стали  доступны общественности, поскольку доподлинно известны марки и типы силовых агрегатов, которыми планируется оснастить новую модель «АвтоВАЗ». На данный момент времени на вопрос, какой двигатель стоит на Ладе Веста, можно дать целых четыре ответа – и предложенная линейка двигателей нуждается в описании и сравнении.

    ВАЗ-11189

    Данный двигатель считается самым слабым, возможным к установке на Ладу Весту. На это указывает объективное сравнение технических характеристик двигателей Лада Веста – на этом агрегате все показатели значительно ниже, чем на иных версиях.

    По своей сути, ВАЗ-11189 является прямой модификацией более старого ВАЗ-11186 – единственным отличием двигателей являются различные клапана впуска и выпуска, а сам мотор остался прежним.

    По предыдущему опыту концерна «АвтоВАЗ», чей двигатель ВАЗ-11189 был установлен на Гранте и Приоре в базовых комплектациях, этот силовой агрегат отлично проявлял себя в сборке с пятиступенчатой механической трансмиссией. Однако стоит учитывать, что размеры и, соответственно, вес Лады Весты довольно-таки существенно выше – а это значит, характеристики двигателя могут оказаться недостаточными.

    На данном этапе конструкторы подумывают о том, чтобы отказаться оснащать седан Ладу Весту данным агрегатом. Если мощность двигателя, составляющая всего 87 лошадиных сил при объеме 1.6 литра, окажется действительно недостаточной, это может серьезно пошатнуть авторитет модели в целом.

    ВАЗ-21129

    Значительно большей мощностью и привлекательностью обладает модель двигателя ВАЗ-21129. В отличие от ВАЗ-11189, эта вариация при одинаковом объеме двигателя в 1.6 литра имеет мощность 106 лошадиных сил. Основное различие, приводящее к подобной разнице в мощности – это количество клапанов. На ВАЗ-11189 их всего восемь, а в данной версии – шестнадцать.

    Этот двигатель новой Лады Весты, по всей вероятности, будет доступен уже в базовой комплектации, тогда как для Гранты и Приоры его устанавливали только в машины комплектации Люкс. Тем не менее, при учете большей массы Весты, максимальная скорость и разгон авто вряд ли будут более мощными и выраженными, чем у той же Приоры на ВАЗ-11189.

    Доподлинно известно, что хэтчбек Лада Веста будет оснащаться силовыми агрегатами данного типа, и ВАЗ-21129 будет доступен уже при покупке модели «Классик» в комплекте с механической коробкой передач МКПП. В целом, двигатель хорошо проявляет себя в условиях российских дорог. Единственное, на что стоит обратить тщательно внимание – это ремень ГРМ: при его обрыве клапана двигателя могут быстро прийти в негодность. Если же не допускать подобных проблем – ресурс двигателя Лада Веста по долговечности достаточно велик.

    Недостаток ВАЗ-21129 – это высокий уровень создаваемого шума, который, ко всему прочему, не всегда бывает ровным. После длительной эксплуатации двигатель даже в относительно хорошем состоянии может начать стучать и троить.

    ВАЗ-21176

    Наиболее мощным и производительным среди вазовских двигателей, устанавливаемых на Весту, является модификация ВАЗ-21176 (или – ее более продвинутая сборка 21179 1.8 литра). По всей видимости, именно этим двигателем будет оснащена спортивная Веста (если она будет выпускаться не только для гонок, но и для продажи простым обывателям), а также – долгожданный, обещанный конструкторами «АвтоВАЗ» полноприводный универсал Лада Веста Кросс.

    По проверенным данным, данный двигатель будет идти в комплекте с роботизированной пятиступенчатой АКПП, что сделает укомплектованные автомобили более современными и удобными в управлении. Стоит отметить, что, вполне вероятно, этот двигатель будет ставиться на Ладу Весту в комплектации «Люкс».

    Характеристики этого силового агрегата внушают уважение. Это единственный серийный двигатель 1.8 литра для Лады Весты, и он же считается самым мощным в линейке (в том числе – и по сравнению с зарубежными аналогами, но об этом позже). Его мощность составляет 122 лошадиных силы в заводской комплектации, однако ее можно повысить, установив некоторые дополнительные элементы (можно посмотреть на предложенном фото).

    Естественно, что более высокий уровень мощности и больший объем довольно значительно увеличат расход топлива по сравнению с предыдущими моделями. Тем не менее, возможность развития большей максимальной скорости, более уверенный разгон и возможность резкого старта «со светофора» привлекает многих водителей больше, чем может оттолкнуть лишний литр-другой топлива на сотню километров пути.

    HR16DE-h5M

    При этом наивысшую цену будет иметь отнюдь не самый мощный двигатель. Дороже всех остальных в линейке будет стоить импортный двигатель, устанавливаемый на многие автомобили концерна Nissan, под маркировкой HR16DE-h5M.

    Стоит сразу обозначить технические характеристики двигателя HR16 для Весты. Он имеет объем, схожий с «младшими» версиями вазовских двигателей – 1.6 литра, однако мощность его составляет 114 л.с. – двигатель отнюдь неплох. Даже из достаточно тяжелого автомобиля (каким, несомненно, стоит считать Весту благодаря ее солидным размерам, приближенным к классу C) такой агрегат способен сделать достаточно мобильный и скоростной автомобиль – что, несомненно, очень важно как для городских жителей, так и для часто выезжающих за город водителей.

    Стоит отметить высокий уровень надежности этого двигателя. По оценкам автомобильных экспертов, ресурс его долговечности при бережном использовании и регулярном ТО практически в полтора раза выше, чем на стандартном вазовском агрегате того же объема.

    Данный двигатель планируется к установке на купе Лада Веста – автомобиль благодаря нему приобретет экспрессию и некоторые претензии на спортивность.

    Будет ли Лада Веста поставляться в продажу с возможностью установки дизельного двигателя – пока не совсем ясно. Дизельные двигатели более экономичны – следовательно, над этим вопросом конструкторы завода должны так или иначе задуматься.

    Неясен лишь один момент: будет ли устанавливаться на Ладу Весту двигатель ВАЗ-11189, или же его использование окончательно признают не имеющим особого смысла? По мнению многих авторитетных автомобильных экспертов, 87 лошадиных сил для габаритов Весты – это действительно несерьезно, и по этой причине, скорее всего, ВАЗ-21129 будет самым «младшим» двигателем, использованным для комплектаций «Классик» и «Комфорт».

    LADA Vesta седан – Технические характеристики – Первый Лада Центр, Краснодар.

  • Кузов
  • Колесная формула / ведущие…

  • Расположение двигателя

  • Тип кузова / количество…

  • Количество мест

  • Длина / ширина / высота, мм

  • База, мм

  • Колея передних / задних колес,…

  • Дорожный просвет, мм

  • Объем багажного отделения, л

  • Двигатель
  • Код двигателя

  • Тип двигателя

  • Система питания

  • Количество, расположение…

  • Рабочий объем, куб. см

  • Максимальная мощность, кВт (л.с.) / об….

  • Максимальный крутящий момент, Нм / об….

  • Рекомендуемое топливо

  • Динамические характеристики
  • Максимальная скорость, км/ч

  • Время разгона 0-100 км/ч, с

  • Расход топлива
  • Городской цикл, л/100 км

  • Загородный цикл, л/100 км

  • Смешанный цикл, л/100 км

  • Масса
  • Снаряженная масса, кг

  • Технически допустимая максимальная масса,…

  • Максимальная масса прицепа без тормозной системы /…

  • Объем топливного бака, л

  • Трансмиссия
  • Тип трансмиссии

  • Передаточное число главной…

  • Подвеска
  • Передняя

  • Задняя

  • Рулевое управление
  • Рулевой механизм

  • Шины
  • Размерность

  • На Lada поставят турбодвигатель мощностью 150 лошадиных сил

    https://ria.ru/20210707/lada-1740197414.html

    На Lada поставят турбодвигатель мощностью 150 лошадиных сил

    На Lada поставят турбодвигатель мощностью 150 лошадиных сил — РИА Новости, 07.07.2021

    На Lada поставят турбодвигатель мощностью 150 лошадиных сил

    «АвтоВАЗ» планирует в ближайшие пять лет представить автомобили Lada с турбодвигателем 1.3 TCe 150 (объемом 1,3 литра, мощностью до 150 лошадиных сил), сообщил… РИА Новости, 07.07.2021

    2021-07-07T08:08

    2021-07-07T08:08

    2021-07-07T09:29

    экономика

    ижевск

    тольятти

    renault s.a

    lada

    автоваз

    авто

    /html/head/meta[@name=’og:title’]/@content

    /html/head/meta[@name=’og:description’]/@content

    https://cdn24.img.ria.ru/images/07e5/06/15/1737870271_0:90:3480:2048_1920x0_80_0_0_2f52dcdbd06582a13a67a8c33801d624.jpg

    ЕКАТЕРИНБУРГ, 7 июл — РИА Новости. «АвтоВАЗ» планирует в ближайшие пять лет представить автомобили Lada с турбодвигателем 1.3 TCe 150 (объемом 1,3 литра, мощностью до 150 лошадиных сил), сообщил президент компании Николя Мор в кулуарах «Иннопрома-2021″.Сейчас такие моторы ставят на машины марки Renault — кроссоверы Arkana, Duster и Kaptur.»Этот двигатель создан совместно с Daimler, у него отличная отдача 150 сил. Он очень эффективный», — отметил руководитель автоконцерна.Конкретные модели Lada, которые собираются обновить, топ-менеджер не раскрыл, уточнив лишь, что это будет «более дорогой сегмент».»АвтоВАЗ» делает свои автомобили по полному циклу, а также комплектующие для двух брендов — Lada и Renault. Производство расположено в Тольятти и Ижевске. Марка Lada состоит из пяти семейств моделей: Vesta, Xray, Largus, Granta и Niva. Бренд лидирует на российском автомобильном рынке с долей свыше 20% и представлен более чем в 20 странах.

    https://ria.ru/20210621/avtovaz-1737841708.html

    https://radiosputnik.ria.ru/20210621/avto-1737892534.html

    ижевск

    тольятти

    РИА Новости

    [email protected]

    7 495 645-6601

    ФГУП МИА «Россия сегодня»

    https://xn--c1acbl2abdlkab1og.xn--p1ai/awards/

    2021

    РИА Новости

    [email protected]

    7 495 645-6601

    ФГУП МИА «Россия сегодня»

    https://xn--c1acbl2abdlkab1og.xn--p1ai/awards/

    Новости

    ru-RU

    https://ria.ru/docs/about/copyright.html

    https://xn--c1acbl2abdlkab1og.xn--p1ai/

    РИА Новости

    [email protected]

    7 495 645-6601

    ФГУП МИА «Россия сегодня»

    https://xn--c1acbl2abdlkab1og.xn--p1ai/awards/

    https://cdn24.img.ria.ru/images/07e5/06/15/1737870271_307:0:3038:2048_1920x0_80_0_0_f622c7fefc4296675197c62fc26aad49.jpg

    РИА Новости

    [email protected]

    7 495 645-6601

    ФГУП МИА «Россия сегодня»

    https://xn--c1acbl2abdlkab1og.xn--p1ai/awards/

    РИА Новости

    [email protected]

    7 495 645-6601

    ФГУП МИА «Россия сегодня»

    https://xn--c1acbl2abdlkab1og.xn--p1ai/awards/

    экономика, ижевск, тольятти, renault s.a, lada, автоваз, авто

    08:08 07.07.2021 (обновлено: 09:29 07.07.2021)

    На Lada поставят турбодвигатель мощностью 150 лошадиных сил

    Одномолекулярные FRET-исследования вращательного двигателя катенаны ДНК a, …

    Нанотехнология ДНК основывается на свойствах молекулярного распознавания ДНК для создания сложных архитектур посредством самосборки. Полученные в результате наноструктуры ДНК позволяют ученым организовывать функциональные материалы в наномасштабе и поэтому нашли применение во многих областях материаловедения за последние несколько лет. Эти каркасы использовались для позиционирования белков, наночастиц, углеродных нанотрубок и других наноматериалов с высоким пространственным разрешением.В дополнение к их замечательной работе в качестве каркаса для других видов, конструкции ДНК также обладают интересными динамическими свойствами, которые привели к их использованию в логических схемах, средствах доставки лекарств и молекулярных ходунках. Хотя наноструктуры ДНК становятся все более сложными, разработка инструментов для их изучения отстает. В настоящее время гель-электрофорез, динамическое рассеяние света и измерения ансамблевой флуоресценции широко используются для характеристики ансамблей на основе ДНК. К сожалению, усреднение по ансамблю в этих методах скрывает искаженные структуры и может маскировать свойства, связанные со структурой, длиной и формой в полидисперсных образцах.Хотя атомно-силовая микроскопия позволяет определять морфологию на уровне отдельных молекул, этот метод обычно не может использоваться для оценки динамических свойств этих конструкций. Для анализа функций устройств на основе ДНК, таких как молекулярные двигатели и реконфигурируемые наноструктуры, в реальном времени, требуются новые методы работы с одной молекулой. В этом отчете подробно описывается работа наших лабораторий по разработке методологий одномолекулярной флуоресценции (SMF) для структурной и динамической характеристики каркасных наноструктур ДНК, по одной за раз.Описанные здесь методы предоставляют нам два отдельных, но связанных набора информации: во-первых, мы можем статически исследовать наноструктуры одну за другой, чтобы оценить их надежность, структурную точность и морфологию. В первую очередь это делается с помощью двухцветного пошагового фотообесцвечивания, при котором мы можем исследовать стехиометрию субъединиц наших сборок до и после различных возмущений структур. Например, мы можем ввести несовпадения длины, чтобы вызвать изгиб нанотрубки, или выполнить реакции смещения нитей, чтобы создать однонитевые гибкие аналоги наших материалов.Во-вторых, благодаря непревзойденному пространственно-временному разрешению методов SMF, мы можем изучать динамический характер этих сборок, внося структурные изменения в нанотрубку и отслеживая их в режиме реального времени. Располагая этой структурной и динамической информацией, наши группы дополнительно разработали новые инструменты для улучшенного конструирования ДНК-нанотрубок, вдохновленные твердофазным синтезом ДНК. Посредством пошаговой сборки нанотрубок можно получить высокомонодисперсные наноструктуры любой желаемой длины без прядей шаблона.Таким образом, уникальные строительные блоки также могут быть добавлены последовательно, что позволяет создавать определяемые пользователем каркасы для организации материалов наноразмеров в трех измерениях. Этот метод в сочетании с нашими протоколами визуализации и анализа может быть расширен для сборки и проверки других супрамолекулярных конструкций контролируемым образом. В целом, комбинируя синтез, характеристику и анализ, эти одномолекулярные методы обладают потенциалом для продвижения исследований наноструктур ДНК и динамических устройств на основе ДНК.

    Произошла ошибка при настройке пользовательского файла cookie

    Этот сайт использует файлы cookie для повышения производительности. Если ваш браузер не принимает файлы cookie, вы не можете просматривать этот сайт.


    Настройка вашего браузера для приема файлов cookie

    Существует множество причин, по которым cookie не может быть установлен правильно. Ниже приведены наиболее частые причины:

    • В вашем браузере отключены файлы cookie. Вам необходимо сбросить настройки вашего браузера, чтобы он принимал файлы cookie, или чтобы спросить вас, хотите ли вы принимать файлы cookie.
    • Ваш браузер спрашивает вас, хотите ли вы принимать файлы cookie, и вы отказались. Чтобы принять файлы cookie с этого сайта, используйте кнопку «Назад» и примите файлы cookie.
    • Ваш браузер не поддерживает файлы cookie. Если вы подозреваете это, попробуйте другой браузер.
    • Дата на вашем компьютере в прошлом. Если часы вашего компьютера показывают дату до 1 января 1970 г., браузер автоматически забудет файл cookie. Чтобы исправить это, установите правильное время и дату на своем компьютере.
    • Вы установили приложение, которое отслеживает или блокирует установку файлов cookie. Вы должны отключить приложение при входе в систему или проконсультироваться с системным администратором.

    Почему этому сайту требуются файлы cookie?

    Этот сайт использует файлы cookie для повышения производительности, запоминая, что вы вошли в систему, когда переходите со страницы на страницу. Чтобы предоставить доступ без файлов cookie потребует, чтобы сайт создавал новый сеанс для каждой посещаемой страницы, что замедляет работу системы до неприемлемого уровня.


    Что сохраняется в файле cookie?

    Этот сайт не хранит ничего, кроме автоматически сгенерированного идентификатора сеанса в cookie; никакая другая информация не фиксируется.

    Как правило, в cookie-файлах может храниться только информация, которую вы предоставляете, или выбор, который вы делаете при посещении веб-сайта. Например, сайт не может определить ваше имя электронной почты, пока вы не введете его. Разрешение веб-сайту создавать файлы cookie не дает этому или любому другому сайту доступа к остальной части вашего компьютера, и только сайт, который создал файл cookie, может его прочитать.

    Механическая нагрузка десмосом зависит от величины и ориентации внешнего стресса

    Антитела

    Были использованы следующие первичные антитела: мышиные анти-десмоплакин I / II (Abcam, ab16434; разведение: 1: 100), кроличьи антикератин-антитела. 5 (BioLegend, 1; 1: 1000), кроличий антикератин-14 (BioLegend, 1; 1: 1000), мышиный анти-десмоглеин-1/2 (Progen Biotechnik, 61002; 1: 200), мышиный антиплакофилин -1 (Santa Cruz, sc-33636; 1: 200), мышиный антиплакоглобин (Thermo Fisher Scientific, 13-8500; 1: 200), мышиный анти-кератин-18 (Thermo Fisher Scientific, MA1-06326; 1: 100), и легкая цепь 2 против фосфомиозина мыши (Cell Signaling Technology, 3675; 1: 200).Были использованы следующие вторичные антитела: антимышиный IgG Alexa Fluor-647 (Thermo Fisher Scientific, A31571; 1: 500), антимышиный IgG Alexa Fluor-488 (Thermo Fisher Scientific, A21200; 1: 500), антикроличий IgG Alexa Fluor-405 (Thermo Fisher Scientific, A31556; 1: 500) и антимышиный IgG Alexa Fluor-647 (Cell Signaling Technology, 4410; 1: 1000).

    Генерация конструкции

    Для конструкции DPI в качестве шаблона использовали кДНК DPI-GFP человека (Addgene, 32227). DPI-TS был собран специальной службой клонирования (Epoch Life Science, Inc).Модуль mTFP1-F40-mEYFP был вставлен до Pro1946 и фланкирован длинными гибкими линкерными последовательностями из 25 и 24 аминокислот (а.о.) (N-термин: LIKGSGGTGSTSGGSGGSTGGGTGA, C-термин: GTGGGTSGGSGGSTSGTGGSGSGRS) и клонирован в плазму Purmid-p-m. промотора TRE (Addgene, 60507). Конструкции DPI также вставляли в вектор piggyBac ниже промотора hEF1α (ДНК 2.0, pJ509-02) для временной экспрессии в MEK. Фотометрический контроль был создан с помощью набора QuickChange Lightning Site-Directed Mutagenesis Kit (Agilent), заменив необходимый тирозин для образования хромофора глицином (Y67G для mEYFP) 47 .DPII генерировали с помощью полимеразной цепной реакции с удлинением перекрывания (ПЦР) с использованием DPI в качестве матрицы (область перекрывания: 5′-GAA TAT GAA AAT GAG CTG GCA AAG GCA TCT AAT AGG ATT CAG GAA TCA AAG-3 ‘). Модуль YPet-F40-mCherry (Addgene, 101252) или модуль YPet-FL-mCherry (Addgene, 101170) вставляли до Thr1354 и фланкировали короткими линкерами (N-термин: VE, C-термин: AAA). Конструкции DPII собирали либо стандартными методами клонирования на основе ферментов, как описано ранее 48 , либо сборкой Гибсона (New England Biolabs (NEB), E2621L).Только донорские контроли генерировали сборкой Гибсона и использовали TagBFP (Evrogen), SNAP (NEB, N9183S) и флуоресцентно мертвый mCherry (Y72L) 49 . Конечные конструкции экспрессии DPII вставляли в pLPCX (Clontech) после промотора CMV; Секвенирование ДНК (Eurofins Genomics) подтвердило правильную последовательность пар оснований этих конструкций. Плазмиды, кодирующие все соответствующие сенсорные и контрольные конструкции, доступны на Addgene (DPI, 119186-119188, 119190 и DPII, 118714-118724).

    Культура клеток и экспрессия конструкции

    Клетки MDCK II (Sigma, 00062107) поддерживали в среде DMEM с низким содержанием глюкозы (Thermo Fisher Scientific, 11885-076) с добавлением 10% фетальной бычьей сыворотки (FBS, Corning, 35011CV) и 1 % пенициллин – стрептомицин (Thermo Fisher Scientific, 15140122).Трансфекцию проводили с помощью нуклеофектора Lonza 4D с использованием раствора клеточной линии SE (Lonza, V4XC-1012) и протокола CM-113. Для каждой трансфекции использовали 1,8 мкг кДНК экспрессирующей конструкции и 0,2 мкг плазмиды транспозазы (Addgene, 34879). Через 3 дня клетки отбирали в среде для выращивания, содержащей 2,5 мкг / мл -1 пуромицина (Thermo Fisher Scientific, A1113803). Сортировка клеток с активацией флуоресценции (FACS) использовалась для обогащения клеток, экспрессирующих DPI-TS и DPI-ctrl (Стэнфордский центр FACS), и отсортированные клетки культивировали в течение 14 дней в отсутствие доксициклина для уменьшения экспрессии экзогенных DPI-конструкций. перед изготовлением замороженных запасов.Родительские и FACS-отсортированные клетки не содержали контаминации микоплазмой (PromoKine, PK-CA91-1096).

    Для экспериментов по визуализации клеточные линии MDCK обрабатывали 0,1 мкг мл -1 (DPI-ctrl) или 0,5 мкг мл -1 (DPI-TS и фотометрический контроль) доксициклином для достижения аналогичных уровней экспрессии конструкции. для клеточных линий и помещали на покрытые коллагеном покровные стекла (Cellvis, D35-20-1.5-N) за 48 часов (ч) до визуализации. Примерно за 24 часа до визуализации среду для культивирования клеток заменяли на среду для визуализации, состоящую из среды L-15 (Thermo Fisher Scientific, 21083027) с добавлением 1% FBS, 1% пенициллина-стрептомицина, 1% ITS-A (Thermo Fisher Scientific , 51300044), и соответствующая концентрация доксициклина.

    MEK-wt и клетки MEK-KO с дефицитом десмоплакина были подарком доктора Кэтлин Грин (Северо-Западный университет). Клетки были свободны от контаминации микоплазмой (Jena Bioscience, PP-401L) и поддерживались в полностью определенной культуральной среде CnT-Prime (Cell-N-Tec), не содержащей компонентов животного происхождения, которая содержит 0,07 мМ CaCl 2 . Клетки разделяли аккутазой (Cell-N-Tec, CnT-Accutase-100) и субкультивировали при соотношении расщепления 1: 3–1: 5. Конструкции кДНК временно трансфицировали липофектамином 3000 (Thermo Fisher Scientific, L3000015).Для измерений FRET МЕК высевали в чашки для визуализации живых клеток (Ibidi, 81158) или чашки для визуализации с гидрогелем определенной жесткости (Matrigen, SV3520-EC-2/4/12/25 PK) и трансфицировали 4,5 мкг кДНК и 7,5 мкл липофектамина. Для иммуноокрашивания клетки высевали на нет. 1,5 предметных стекла (Menzel) и трансфицировали 1 мкг кДНК с использованием 2 мкл липофектамина. Чтобы вызвать образование DSM в MEK, среду заменили на CnT-Prime с добавлением 1% пенициллина-стрептомицина и 1,5 мМ CaCl 2 .

    Медикаментозное лечение

    Для лечения ингибитором актомиозина монослои готовили в покрытом коллагеном многолуночном планшете (Cellvis, P24-1.5H-N). Y-27632 (Sigma, Y0503) использовали в концентрации 10 мкМ в течение 60 минут (мин), цитохалазин-D (Sigma, C2618) в концентрации 1,5 мкМ в течение 30 минут и окадаиновую кислоту (Cayman Chemical, 10011490). использовали в концентрации 50 нМ в течение 12 ч; эквивалентный объем и время соответствующего лекарственного растворителя использовали в качестве контроля для Y-27632 (вода; 1: 500), цитохалазина-D (ДМСО; 1: 3333) и окадаиновой кислоты (этанол; 1: 2500).

    Иммуноокрашивание

    Во время всех процедур образцы защищали от света, чтобы предотвратить фотообесцвечивание экспрессированных флуоресцентных белков. Для иммуноокрашивания F-актином и p-MLC клетки MDCK фиксировали 4% параформальдегидом в фосфатно-солевом буфере (PBS, pH 7,4). Для всех других видов иммуноокрашивания клеток MDCK и MEK, экспрессирующих конструкции DPI, образцы фиксировали предварительно охлажденным метанолом при -20 ° C в течение 8 мин и дважды промывали PBS (pH 7,4). Блокирование проводили при комнатной температуре (RT) в течение 1 ч в PBS, содержащем 1% бычий сывороточный альбумин (BSA) и 0.1% Triton X-100 (Sigma). Первичные антитела (т.е. анти-десмоплакин I / II, анти-кератин-18, анти-кератин-5) разводили в блокирующем буфере и инкубировали с клетками в течение 1-2 часов при комнатной температуре. Вторичные антитела разводили в блокирующем буфере, содержащем 1 мкг мл -1 Hoechst 34580 (Thermo Fisher Scientific, h31486) и инкубировали в течение 1–3 ч с клетками при комнатной температуре. Для мечения сетей F-актина к буферу вторичных антител добавляли ActinRed (Thermo Fisher Scientific, R37112).

    Для иммуноокрашивания MEK, экспрессирующих конструкции DPII, клетки дважды промывали PBS, буфером, стабилизирующим цитоскелет (1 мМ EGTA, 1 мМ MgCl 2 , 50 мМ глицерин, 25 мМ PIPES, pH 7.4) и фиксировали в течение 8 мин предварительно охлажденным метанолом при -20 ° C; клетки промывали один раз PBS, затем PBS, содержащим 0,02% твин-20 (PBST), и PBST, содержащим 1% BSA (PBSTB). Затем первичные антитела разводили в PBS, содержащем 3% BSA, и инкубировали с клетками в течение ночи при 4 ° C. На следующий день клетки промывали PBST и PBSTB и инкубировали в течение 1 ч при комнатной температуре со вторичными антителами. Наконец, клетки промывали PBST и PBS и помещали в антифадный монтажный раствор Prolong Gold (Thermo Fisher Scientific, P36934).Иммуноокрашивание получали с помощью конфокального микроскопа Zeiss LSM 780.

    Просвечивающая электронная микроскопия (ТЕМ)

    Трансфицированные клетки фиксировали 1% глутаровым альдегидом в течение 1 часа при 37 ° C с последующей трехкратной промывкой PBS и последующей инкубацией с 2% раствором осмиятеттроксида в течение 1 часа при 4 ° C. После этого образцы дегидратировали с помощью серии этанола от 20 до 100% и заливали Epon на 24 часа при 80 ° C. Наконец, ультратонкие срезы (60–80 нм) вырезали алмазным ножом и окрашивали насыщенным раствором уранилацетата в течение 40 мин и цитратом свинца в течение 5 мин.Изображения были получены с помощью просвечивающего электронного микроскопа Libra 120 (Zeiss).

    Визуализирующая микроскопия времени жизни флуоресценции (FLIM)

    Для экспериментов DPI-TS данные времени жизни флуоресценции собирали с помощью конфокального микроскопа Zeiss LSM 780, оснащенного двухфотонным импульсным возбуждением MaiTai Ti: сапфировым лазером, настроенным на 860 нм, Becker & Hickl Система обнаружения SPC-150, иммерсионный объектив LCI Plan Apo × 40, полосовой фильтр (Semrock, 475/28 нм) для mTFP1 и камера для нагрева (37 ° C).Изображения были получены в формате 512 × 512 пикселей, покрывающих 70,85 × 70,85 мкм 2 ; для каждого условия эксперимента было сделано 10 изображений на 3–4 препаратах, в результате чего получилось около 25–40 изображений. Эксперименты FLIM для конструкций DPII в MEK проводили на конфокальном лазерном сканирующем микроскопе (Leica TCS SP5 X), оснащенном импульсным лазером белого света (NKT Photonics), детектором FLIM X16 TCSPC (LaVision Biotech), водным объективом × 63 (HCX). PL APO CS), полосовой фильтр (Chroma, 545/30 нм) для YPet и камера нагрева (37 ° C, 5% CO 2 ; Ibidi).Клетки на чашках с гидрогелем визуализировали при комнатной температуре. Изображения были получены со скоростью сканирования 400 Гц для 512 × 512 пикселей, покрывающих 61,51 × 61,51 мкм 2 . Для каждого условия эксперимента было сделано 15–20 изображений в течение 3–8 отдельных дней, в результате чего получилось около 50–100 изображений.

    Анализ FLIM-FRET

    Для анализа данных FLIM с коррелированным временем счета одиночных фотонов (TCSPC) -FLIM использовались специально написанные программы MATLAB и программное обеспечение, основанное на ранее опубликованных алгоритмах 17 .Для измерений в MEK соединения ячейка-ячейка были извлечены вручную путем рисования масок. Затем десмосомный сигнал был изолирован с помощью бинарной маски, созданной из изображения интенсивности путем размытия изображения (по Гауссу, σ = 3 пикселя) и выделения связанных ярких областей. Для объемной подгонки все фотоны, обнаруженные в результирующей маске, использовались для определения времени жизни флуоресценции. Для отдельных точек изображение с маскированной интенсивностью было размытым (по Гауссу, σ = 3 пикселя), а пиксели были присвоены ближайшему локальному максимуму интенсивности.Исключались области размером менее девяти пикселей.

    Для измерений в ячейках MDCK карта сегментации была сгенерирована из изображения интенсивности путем выбора пикселей ярче, чем на одно стандартное отклонение выше средней интенсивности пикселей изображения после полосовой фильтрации, чтобы улучшить интересующие особенности (диаметр 3–10 пикселей). Чтобы выделить отдельные точки, пикселям был назначен ближайший локальный максимум интенсивности, а области меньше девяти пикселей были исключены. Кроме того, точки в цитозоле или в областях с аномально высокой автофлуоресценцией (т.е.(например, из клеточного дебриса непосредственно над клеточным монослоем) вручную исключены.

    Чтобы определить время жизни флуоресценции, экспоненциальное затухание было подогнано к трассе суммарного времени счета фотонов от каждой маски или точки. Подгонка кривой затухания была установлена ​​на начало 0,56 нс после максимального счета фотонов, чтобы минимизировать вклад функции отклика прибора и автофлуоресценции. Подгонка была выполнена с использованием MATLAB «fmincon» с функцией стоимости максимального правдоподобия на основе статистики Пуассона 50,51 .

    Эффективность FRET E была рассчитана на основе времени жизни донора в присутствии акцептора τ DA и среднего времени жизни только донора \ (\ overline {{\ mathrm {\ tau}} _ {\ mathrm {D}}} \) согласно формуле. (1):

    $$ E = 1 — \ frac {{{\ mathrm {\ tau}} _ {{\ mathrm {DA}}}}} {{\ overline {{\ mathrm {\ tau}}} _ {\ mathrm {D}}}}}. $$

    (1)

    Среднее время жизни только донора определяли для согласованных конструкций с нарушенным образованием хромофора акцептора (mCherry-Y72L и EYFP-Y67G; дополнительный рис.3д-е). Эффективность FRET была рассчитана с использованием 2,94 нс для YPet-F40-mCherry (дополнительный рисунок 3f), 2,98 нс для YPet-F40-mCherry на мягких подложках и YPet-FL-mCherry (дополнительный рисунок 3h, i), 2,52 нс для mTFP1. -F40-mEYFP и 2,55 нс для mTFP1-F40-mEYFP в экспериментах по лечению наркотиками. Минимальное необходимое количество фотонов определялось сокращением разброса значений продолжительности жизни до 1000 фотонов для DPII, 175 фотонов для DPI и 275 фотонов для DPI в экспериментах по лечению лекарств. Индивидуальные совпадения точек с экстремальными (<0% или> 100%) значениями были исключены из анализа.Никакие припадки не были исключены из массового анализа.

    Сенсибилизированный эмиссионный ратиометрический анализ FRET

    Эпифлуоресцентное изображение получали на инвертированном микроскопе Nikon Ti-E, управляемом с помощью Micromanager 1.4.22 52 . Микроскоп был оборудован световым двигателем Heliophor (89 северной широты), камерой Andor sCMOS Neo с воздушным объективом CFI Plan Apo Lambda × 40 и камерой для нагрева (37 ° C). Сенсибилизированный эмиссионный FRET-анализ (SE-FRET) выполняли с трехканальным захватом на эпифлуоресцентном микроскопе: сигнал донора после возбуждения донора ( D obs ), сигнал акцептора после возбуждения донора ( F obs ) и акцепторный сигнал. сигнал после возбуждения акцептора ( A obs ).Изображения были скорректированы в виде плоского поля путем вычитания интенсивности темного кадра и деления на нормализованное калибровочное изображение из однородно флуоресцентного образца в PBS (рибофлавин для каналов CFP, FRET и YFP и TRITC для RFP). Фоновый фильтр катящегося шара (50 пикселей / диаметр ~ 8 мкм) использовался для удаления фоновой интенсивности из каждого канала. После коррекции плоского поля и вычитания фона скорректированная интенсивность FRET ( F cor ) была определена линейным рассмешиванием на основе поправочных коэффициентов ε (уравнение.2). Значения ε были получены путем подбора образцов, содержащих только флуорофор 53 .

    $$ \ left [{\ begin {array} {* {20} {c}} {D _ {{\ mathrm {cor}}}} \\ {F _ {{\ mathrm {cor}}}} \\ {A _ {{\ mathrm {cor}}}} \ end {array}} \ right] = \ left [{\ begin {array} {* {20} {c}} 1 & {\ varepsilon _ {{\ mathrm {FD}}}} & {\ varepsilon _ {{\ mathrm {AD}}}} \\ {\ varepsilon _ {{\ mathrm {DF}}}} & 1 & {\ varepsilon _ {{\ mathrm {AF }}}} \\ {\ varepsilon _ {{\ mathrm {DA}}}} & {\ varepsilon _ {{\ mathrm {FA}}}} & 1 \ end {array}} \ right] \ left [{ \ begin {array} {* {20} {c}} {D _ {{\ mathrm {obs}}}} \\ {F _ {{\ mathrm {obs}}}} \\ {A _ {{\ mathrm {obs }}}} \ end {array}} \ right] $$

    (2)

    Для пары mTFP1 / mEYFP FRET, использованной в DPI-конструкциях, поправочные коэффициенты составили ε FD = 4.9 · 10 −3 , ε AD = 4,5 · 10 −4 , ε DF = 0,62, ε AF = 0,092, ε DA = 2,4 · 10 −3 и ε FA = 3,8 · 10 −3 . Для пары FRET YPet / mCherry, использованной в конструкциях DPII, поправочные коэффициенты составляли ε FD = 2,4 · 10 −3 , ε AD = 1,3 · 10 −4 , ε DF = 0.29, ε AF = 0,056, ε DA = 0,038 и ε FA = 0,13. Карта сегментации была сгенерирована из акцепторного канала ( A cor ) путем выбора пикселей ярче, чем четыре стандартных отклонения выше средней интенсивности пикселей фоновой области монослоя, и с использованием того же метода выделения сигнала на основе точек, что и для FLIM-FRET анализ. Индекс FRET I был рассчитан по формуле. (3):

    $$ I = \ frac {{F _ {{\ mathrm {cor}}}}} {{D _ {{\ mathrm {cor}}} + F _ {{\ mathrm {cor}}}} } \ cdot 100.$$

    (3)

    Пункты, которые были слишком тусклыми (<5000 общей интенсивности [au] в A cor для DPI-TS, или <2000 общей интенсивности [au] в A cor для DPII-TS) или которые имели исключены крайние значения индекса FRET (<0 или> 100); точки в областях, показывающих несовпадение в наложении изображений получения донорного и акцепторного каналов, вручную отбрасывали.

    Эксперимент по микроманипуляции и анализ отдачи

    Стеклянная микропипетка была установлена ​​на устройстве для микроманипуляции, собранном с двумя ручными одноосными столиками (ThorLabs, PT1) для перемещения x y и моторизованным одноосным столиком (ThorLabs, MTS50) контролировать высоту.Микропипетку опускали на конфлюэнтный монослой до тех пор, пока ячейка не зажималась между микропипеткой и поверхностью стекла, а затем перемещали горизонтально. Смещение монослоя в точке контакта было оптимизировано для минимального разрыва клеток и максимальной релаксации монослоя после удаления наконечника. Для клеток MDCK использовали полное смещение ~ 50–100 мкм; для МЕК применялись смещения <20 мкм (дополнительный рисунок 4 и дополнительный ролик 1). В монослоях MEK для последующего анализа использовали только соединение клетка-клетка, прилегающее к вытяжке.

    Три изображения FRET были собраны для каждого цикла вытягивания: до контакта наконечника (Pre), когда монослой удерживался при максимальном смещении (Pull), и через 1–5 минут после извлечения наконечника пипетки, когда монослой прекратил движение отдачи на не менее 10 с (Пост). Отдельные точки были изолированы, и индексы FRET для отдельных точек были определены в каждый момент времени, как описано выше. Чтобы отслеживать движение точек в деформированных областях, 6–10 соответствующих контрольных точек были выбраны вручную для создания проективной карты с помощью MATLAB «fitgeotrans».После этой начальной деформации алгоритм двустороннего сопоставления из центрального обмена файлами MATLAB (gaimc: Graph Algorithms в коде Matlab) использовался для сопоставления отдельных точек между точками времени путем минимизации общего смещения. Векторы отдачи были рассчитаны путем сопоставления точек во время вытягивания с их положением после вытягивания; Длина этого вектора была определена как дистанция отдачи d r . Изолированные точки и точки, которые отклонялись в направлении, существенно отличном от среднего значения соседних точек, были идентифицированы как несовпадающие и исключены.

    Второе сопоставление было выполнено между пост-пунктами и пре-пунктами, чтобы идентифицировать соответствующие точки до контакта с кончиком. Чтобы определить угол отдачи α r , локальный наклон контакта ячейка-ячейка был рассчитан для каждой точки путем линейной аппроксимации через точку и все соседние точки в пределах 4 мкм с помощью MATLAB ‘robustfit’; Требовалось не менее трех точек и стандартная ошибка ≤9 ° для полученного угла наклона. Наконец, острый угол между наклоном контакта ячейка-ячейка ( м c ) и наклоном вектора отдачи ( м r ) использовался для определения угла отдачи относительно ячейки-ячейки. контакт, используя уравнение.{- 1} \ left ({\ frac {{m _ {\ mathrm {r}} — m _ {\ mathrm {c}}}} {{1 + m _ {\ mathrm {r}} m _ {\ mathrm {c}) }}}} \ right) $$

    (4)

    Различия в индексах FRET

    определялись с использованием линейной модели смешанных эффектов с групповым эффектом для точек, полученных из одного и того же изображения (описано в статистическом анализе). Данные DP-TS с разбивкой на расстояние или угол отдачи сравнивались с соответствующими данными DP-ctrl без разбивки на интервалы.

    Статистический анализ

    Статистические тесты на изменение среднего индекса FRET или эффективности FRET точек были выполнены с помощью R с использованием линейной модели смешанных эффектов с групповым эффектом для точек, полученным из одного и того же изображения.Эта модель учитывает статистическую зависимость точек на одном и том же изображении. С этой целью предполагается, что сгруппированная ошибка между изображениями подчиняется нормальному распределению около нуля. Включение группового эффекта дало более консервативные и надежные оценки статистической достоверности по сравнению с тестами, в которых каждая точка рассматривалась как независимая. Использовалась модель fretIndex ~ isTensionSensor + (1 | imageNumber), где isTensionSensor было установлено в 1 для данных датчика и 0 для согласованных усеченных данных управления; imageNumber был уникальным индексом для каждого изображения 54 .Для экспериментов по лечению лекарством сравнение между контролем растворителем и условиями лечения лекарственным средством было выполнено с помощью fretIndex ~ isTensionSensor * isDrugWell + (1 | imageNumber), где isDrugWell было установлено на 0 для контроля растворителя и 1 для условий лечения лекарством. Сообщенные доверительные интервалы и значения p были получены из пакета lmer-test 55 . Для статистической оценки объемно подогнанных данных FLIM и количественной оценки фосфо-MLC были созданы коробчатые диаграммы с использованием «коробчатой ​​диаграммы» MATLAB, показывающие медианное значение, 25-й и 75-й процентили и усы, достигающие последней точки данных в пределах 1.5-кратный межквартильный размах, соответствующий 2,7 стандартного отклонения для нормально распределенных данных. Для сравнения статистической значимости использовался двусторонний критерий Колмогорова – Смирнова (KS) с уровнем значимости по умолчанию α = 0,05, поскольку не все наборы данных удовлетворяли KS-критерию нормальности. Статистические значения даются с помощью значения p : *** p <0,001; ** p <0,01; * р <0,05; n.s. (не имеет значения), p ≥ 0.05

    Доступность кода

    Программное обеспечение для анализа TCSPC-FLIM основано на ранее опубликованном специально написанном программном обеспечении MATLAB 17,56 и было адаптировано для этого проекта, как описано выше. Ратиометрический анализ FRET был выполнен с использованием специально написанного программного обеспечения MATLAB. Статистическое тестирование проводилось с использованием R. Программное обеспечение предоставляется по запросу.

    2020 Bentley Mulsanne Speed ​​Обзор, цены и характеристики

    Добавить комментарий

    Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *